Фамилия Зюбенко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерному для восточной Украины. В основе фамилии лежит прозвище Зюба, которое, вероятно, связано с глаголом «зябнуть» (мёрзнуть, зябнуть) или диалектным «зюба» — человек, который зябнет, мёрзнет. Таким образом, фамилия могла указывать на особенность поведения или внешности предка (например, зябкий, чувствительный к холоду).
Фамилия Зюбенко распространена в Украине, особенно в центральных и восточных областях. В России встречается реже, преимущественно в южных регионах. Первые упоминания фамилии относятся к XVII–XVIII векам, когда фамилии на -енко активно формировались в казацкой среде.
Этимологически фамилия связана с корнем «зяб-» (зябнуть), что подтверждается наличием родственных фамилий, таких как Зябликов, Зяблов. Вариант Зюбенко мог возникнуть в результате фонетических изменений (переход 'я' в 'ю' под влиянием аканья или диалектных особенностей).
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.