Фамилия Жунин образована от прозвища Жуня, которое восходит к русскому глаголу «жунить» — «бранить, ворчать, журить». В диалектах «жуня» означает ворчливого, брюзгливого человека. Таким образом, фамилия относится к группе «характерологических» прозвищ, даваемых по особенностям поведения. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Жуни».
Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. В исторических документах упоминается с XVI века, например, в писцовых книгах. Родственные фамилии: Жуков, Журавлёв (другие корни), но Жунин имеет самостоятельное происхождение.
В современной России фамилия не является распространённой, но сохраняется в основном в сельской местности. Этимологически связана с древнерусским корнем «жун-» (ворчать), который также дал слово «жунеть» (звучать, гудеть) в некоторых говорах.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.