Фамилия Зелепугин имеет русское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ. В основе лежит слово «зелепуга», которое в русских говорах означает неоперившегося птенца, а также незрелый плод (например, зелёное яблоко). Прозвище могло даваться молодому, неопытному человеку или тому, кто был малорослым, щуплым. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зелепугин, то есть сын или потомок Зелепуги.
Фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Курской, Орловской, Воронежской областях. Первые упоминания относятся к XVI–XVII векам, когда фамилии начали закрепляться среди крестьян и служилых людей. В документах встречаются варианты Зелепугин, Зелепуга, Зелепугины.
Этимологически фамилия связана с корнем «зелен-» (зелёный), что отражает значение незрелости. Родственные фамилии: Зеленин, Зеленкин, Зелепугов. В некоторых говорах слово «зелепуга» могло также означать «зелёный лук» или «недозрелая ягода», что расширяет возможные мотивы прозвища.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.