Фамилия Шкваркупенко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерных для восточной Украины. В основе фамилии лежит прозвище Шкваркупа, которое, вероятно, состояло из двух частей: «шкварка» (вытопленное сало, шкварки) и «купити» (покупать). Таким образом, прозвище могло означать «покупатель шкварок» или «тот, кто торгует шкварками». Возможно, прозвище было ироническим или указывало на род занятий.
Фамилия распространена в Украине, особенно в центральных и восточных областях. Первые упоминания фамилии могут относиться к XVII–XVIII векам, когда фамилии на -енко активно формировались в казацкой среде. Варианты фамилии включают Шкваркупа, Шкваркупенко, а также родственные Шкварко, Шкварченко.
Этимологически фамилия связана с украинским словом «шкварка» (шкварка, вытопленное сало) и глаголом «купити» (покупать). Корень «шкварк-» встречается в других фамилиях, таких как Шкварко, Шкварченко, Шкварков.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.