Фамилия Шишанин образована от прозвища Шишан, которое, вероятно, восходит к диалектному слову «шиш» — вор, разбойник, бродяга или плут. В русских говорах «шиш» также могло означать черта, беса, что придавало прозвищу негативный оттенок. Суффикс «-ан» указывает на принадлежность к лицу, обладающему данным качеством, а окончание «-ин» — типичный русский патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Шишанин — «сын Шишана».
Фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине. В исторических документах упоминается с XVI века, например, в писцовых книгах Новгородской земли. Варианты фамилии: Шишанов, Шишанкин, Шишанин.
Этимологически родственна фамилиям, образованным от корня «шиш»: Шишов, Шишаев, Шишкин. Однако в списке кандидатов наиболее близки Шишанов (с тем же корнем и суффиксом) и Шишанкин (с уменьшительным суффиксом).
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.