Фамилия Пустовойт имеет украинское происхождение и образована от прозвища, состоящего из двух частей: «пусто» (пустой) и «войт» (от нем. Vogt — управляющий, староста). В историческом контексте «войт» — это выборное должностное лицо в сельской общине, обладавшее административной и судебной властью. Прозвище «Пустовойт» могло указывать на человека, который занимал должность войта, но не имел реальной власти или подчинённых, либо на неопытного, «пустого» войта. Также возможно, что фамилия возникла как ироническое прозвище для человека, который претендовал на роль войта, но не соответствовал ей.
Фамилия распространена преимущественно в Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также среди украинской диаспоры. В России встречается реже, обычно в регионах, граничащих с Украиной. Первые упоминания фамилии относятся к XVI–XVII векам, когда в реестрах казацкой старшины и крестьян фиксировались подобные прозвища. Варианты фамилии: Пустовойтов, Пустовойтенко, Пустовойченко — указывают на патронимическое происхождение от той же основы.
Этимологически фамилия Пустовойт относится к группе описательных (прозвищных) фамилий, отражающих социальный статус или характер человека. Корень «войт» заимствован из немецкого через польское посредничество, что характерно для украинской антропонимии периода Речи Посполитой.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.