Фамилия Пепзин имеет русское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ. В основе фамилии лежит прозвище Пепза, которое, скорее всего, восходит к диалектному слову «пепза» — зола, пепел. Такое прозвище могло указывать на особенности внешности (например, пепельный цвет волос) или род занятий (зольщик, печник). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пепзин, то есть сын или потомок Пепзы.
Фамилия Пепзин встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. В исторических документах фамилия упоминается с XVI века, например, в писцовых книгах. Варианты фамилии: Пепзов, Пепцев, Пепкин.
Этимологически фамилия связана с корнем «пеп-» (пепел, зола), который также присутствует в словах «пепел», «пепелище». Родственные фамилии: Пепкин, Пеплов, Пепелин.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.