Фамилия Непоп имеет славянское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ, характеризующих социальный статус или род занятий. В основе лежит слово «поп» (священник) с отрицательной частицей «не». Прозвище Непоп могло даваться человеку, который не стал священником, несмотря на ожидания, или же тому, кто происходил из семьи священнослужителей, но сам избрал светскую жизнь. Также возможно, что прозвище носило иронический характер и давалось человеку, ведущему себя неподобающим для духовного лица образом.
Фамилия встречается преимущественно в восточнославянских регионах, особенно в Украине и Беларуси, а также в южных областях России. В исторических документах фамилия фиксируется с XVI–XVII веков. Варианты написания: Непоп, Непопов, Непопенко. Родственные фамилии: Попов, Попович, Непопов.
Этимологически фамилия прозрачна: «не» + «поп». Суффикс отсутствует, так как фамилия является застывшей формой прозвища. В некоторых случаях могла оформляться суффиксом -ов (Непопов), но форма Непоп сохранилась как более архаичная.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.