Фамилия Мищерин образована от прозвища Мищера, которое, в свою очередь, восходит к названию древнего финно-угорского племени мещера, обитавшего в бассейне реки Оки. Прозвище могли дать человеку, происходившему из этих мест или имевшему внешние черты, напоминавшие представителей этого племени. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Мищеры».
Фамилия распространена в центральных областях России, особенно в Рязанской, Владимирской и Московской губерниях, что соответствует исторической территории расселения мещеры. В письменных источниках фамилия встречается с XVI века, например, в писцовых книгах упоминаются крестьяне Мищерины.
Варианты фамилии: Мещерин, Мищеряков, Мищерский. Родственные фамилии: Мещеряков, Мещерский, Мищеряк.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.