Фамилия Кобенко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерному для восточных регионов Украины. В основе фамилии лежит прозвище Кобень, которое могло быть связано с диалектным словом «кобень» (крюк, багор) или с глаголом «кобениться» (упрямиться, ломаться). Таким образом, прозвище могло указывать на род занятий (рыбак, использующий багор) или на особенности характера (упрямый, неуступчивый человек).
Фамилия Кобенко встречается преимущественно в Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также среди украинской диаспоры. Первые упоминания фамилии относятся к XVII веку, когда фамилии на -енко активно формировались в казацкой среде. Варианты фамилии: Кобень, Кобенков, Кобченко.
Этимологически фамилия связана с древнерусским «кобь» (судьба, предзнаменование), но более вероятна связь с украинским «кобеняк» (род верхней одежды) или «кобеніти» (коченеть). В любом случае, фамилия отражает характерные черты или занятия предка.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.