Фамилия Вовненко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерному для восточных регионов Украины. В основе фамилии лежит прозвище Вовна, которое восходит к украинскому слову «вовк» (волк). Суффикс -енко указывает на патронимическое значение: «сын Вовны» или «потомок Вовны». Таким образом, фамилия Вовненко означает «сын того, кого прозвали Вовной».
Прозвище Вовна могло быть дано человеку, обладающему качествами, приписываемыми волку: хитростью, смелостью или свирепостью. В украинской антропонимии фамилии с корнем «вовк» весьма распространены, например, Вовк, Вовченко, Вовчук. Фамилия Вовненко встречается преимущественно в центральных и северных областях Украины, а также среди украинской диаспоры.
Первое документальное упоминание фамилии относится к XVII веку, когда в реестрах казацкой старшины фиксировались подобные патронимические образования. В современной Украине фамилия Вовненко не является редкой, но и не входит в число самых распространённых.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.