Фамилия Струпенко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерному для восточной Украины. В основе фамилии лежит прозвище Струпа, которое могло быть связано со словом «струп» — засохшая корка на ране, либо с диалектным «струпа» в значении «шероховатость, неровность». Прозвище могло указывать на внешние особенности человека (например, следы на коже) или на его характер (колючий, неуживчивый).
Фамилия Струпенко фиксируется в реестрах запорожских казаков XVII–XVIII веков, а также встречается в современных украинских областях: Полтавской, Черкасской, Киевской. Варианты фамилии: Струпенко, Струпейко, Струповский. Родственные фамилии: Струпов, Струпин, Струпак.
Этимологически фамилия восходит к праславянскому корню *strup- со значением «струп, короста». В польском языке istnieje слово «strupień» (струп), в белорусском — «струп». Таким образом, фамилия относится к группе описательных (прозвищных) фамилий, отражающих физические или поведенческие особенности предка.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.