Фамилия Шонкин имеет русское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -ин. Основа фамилии — прозвище Шонка, которое, вероятно, восходит к диалектному слову «шонька» (или «шонка»), означающему «щенок» или «маленькая собачка». Такие прозвища часто давались людям с определёнными чертами характера или внешности, например, маленькому росту или игривому нраву. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шонкин, то есть сын или потомок Шонки.
Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, а также в некоторых областях Украины и Беларуси. Первые упоминания могут относиться к XVI–XVII векам, когда фамилии активно формировались из прозвищ. В исторических документах фамилия Шонкин фиксируется в переписных книгах и ревизских сказках.
Этимологически фамилия связана с корнем «шон-», который имеет параллели в других славянских языках (например, польское «szczenię» — щенок). Варианты фамилии: Шонков, Шонькин. Родственными можно считать фамилии с тем же корнем, например, Шонин, Шонский.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.