Фамилия Шебордаев имеет русское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ. В основе лежит прозвище Шебордай, которое, вероятно, восходит к диалектному слову «шеборда» (или «шебарда») — болтун, пустомеля, человек, который говорит много и бестолково. В некоторых говорах «шеборда» также могло означать «ерунда, вздор». Таким образом, фамилия могла характеризовать болтливого или несерьёзного человека.
Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ев, указывающего на принадлежность к роду Шебордая. Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Первые упоминания могут относиться к XVII–XVIII векам, когда фамилии активно закреплялись среди крестьян и мещан.
Этимологически фамилия связана с глаголом «шебордить» — шуметь, возиться, а также с существительным «шеборда» в значении «сор, мусор» (переносно — вздор). Родственные фамилии: Шебордаев, Шебордин, Шебордаков.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.