Фамилия Щеплягин имеет русское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ, связанных с ремеслом или характером деятельности. Основа фамилии — «щепляга», что в диалектах могло означать человека, занимающегося щепанием (расщеплением) дерева, либо того, кто был худым, щуплым (как щепка). Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Щеплягин, то есть сын или потомок Щепляги.
Фамилия распространена в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. Встречается также в украинских и белорусских землях, где могла адаптироваться как Щепляга. Первые упоминания относятся к XVI–XVII векам, когда фамилии начали закрепляться у крестьян и посадских людей.
Этимологически родственна фамилиям Щепкин, Щепин, Щепегин, а также диалектным формам Щепляк, Щепляков. Не связана с фамилиями на «-лягин» от других корней (например, Колягин, Шелягин).
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.