Фамилия Шабонеев образована от прозвища Шабоней, которое, вероятно, восходит к диалектному слову «шабон» (или «шабун»), означающему неряшливого, неопрятного человека. В русских говорах также встречается слово «шабонить» — пачкать, марать. Таким образом, фамилия относится к группе «описательных» (descriptive) прозвищ, характеризующих внешность или поведение человека.
Суффикс -еев указывает на патронимическое происхождение (сын Шабонея). Фамилия распространена в центральных и южных регионах России, особенно в Рязанской и Тамбовской областях. Первые упоминания относятся к XVII веку, когда в писцовых книгах фиксировались крестьяне с подобными прозвищами.
Этимологически фамилия связана с корнем «шабон-», который имеет параллели в других славянских языках (например, украинское «шабон» — неопрятный человек). Варианты фамилии: Шабонов, Шабонин, Шабонкин.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.