Фамилия Нуникян (арм. Նունիկյան) является типичной армянской фамилией, образованной от личного имени Нуник (арм. Նունիկ) с помощью патронимического суффикса -ян, означающего 'принадлежность к роду'. Имя Нуник, в свою очередь, является уменьшительно-ласкательной формой от имени Нунэ (арм. Նունե), которое восходит к древнеармянскому слову 'нун' (арм. նուն) — 'бабушка' или 'мать'. Таким образом, фамилия может указывать на происхождение от предка по имени Нуник или Нунэ.
Фамилия распространена среди армян, особенно в Армении и в армянской диаспоре. В России и других странах постсоветского пространства фамилия встречается реже, но фиксируется в переписях. Исторически фамилии с суффиксом -ян начали формироваться в Армении в средние века, однако массовое закрепление фамилий произошло в XIX веке. Первое упоминание фамилии Нуникян в письменных источниках датируется, вероятно, XIX веком, но точная дата не установлена.
Фамилия Нуникян не имеет славянских аналогов и является специфически армянской. В списке родственных фамилий можно выделить варианты с тем же корнем, например, Нуникян и Нунин (русская адаптация), а также фамилии, образованные от того же имени Нуник, но с разными суффиксами.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.