Фамилия Манышин имеет русское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ с помощью патронимического суффикса -ин. В основе фамилии лежит прозвище Маныша, которое, вероятно, восходит к диалектному слову «маныш», означающему «маленький, младший» или «малыш». В некоторых говорах «маныш» также могло обозначать «ласковое обращение к ребенку». Таким образом, фамилия Манышин могла указывать на младшего сына в семье или на человека небольшого роста.
Фамилия распространена в центральных и южных регионах России, особенно в Курской, Орловской и Воронежской областях. Встречается также в украинских и белорусских землях, где могла адаптироваться как Манишин или Манишенко. Первые упоминания фамилии относятся к XVII веку, когда в писцовых книгах фиксировались крестьяне с фамилией Манышины.
Этимологически фамилия связана с корнем «маныш-», который имеет параллели в других славянских языках: украинское «маниш» (маленький), польское «manić» (манить, привлекать). Однако основное значение связано с уменьшительно-ласкательной формой.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.