Фамилия Лисеенко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерному для восточных славян, особенно украинцев. В основе фамилии лежит прозвище Лисей, которое могло быть образовано от слова «лис» (лиса) и указывать на такие качества, как хитрость, ловкость, или на внешние признаки, например, рыжий цвет волос. Суффикс -енко является патронимическим, означая «сын» или «потомок», таким образом, Лисеенко буквально означает «сын Лисей».
Фамилия широко распространена на территории Украины, особенно в центральных и восточных областях, а также встречается среди украинской диаспоры. Исторически фамилии на -енко начали формироваться в XV–XVII веках, и Лисеенко могла возникнуть в этот период. Варианты фамилии, такие как Лисенко, Лисовенко, Лисниченко, также имеют общий корень «лис».
В России фамилия Лисеенко встречается реже, но известна благодаря некоторым деятелям культуры и науки. Этимологически фамилия не связана с религиозными или аристократическими корнями, а относится к описательным (прозвищным) фамилиям.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.