Фамилия Кильдюшкин имеет русское происхождение и относится к группе фамилий, образованных от прозвищ. В основе лежит прозвище Кильдюшка, которое, скорее всего, восходит к диалектному слову «кильдюк» (или «кильдюшка»), означающему мешок, куль или нечто подобное. Такое прозвище мог получить человек, занимавшийся изготовлением или продажей мешков, либо имевший какую-то особенность, связанную с этим предметом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кильдюшкин, то есть сын или потомок Кильдюшки.
Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектное слово «кильдюк» было распространено. Первые упоминания фамилии относятся к XVII–XVIII векам, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по прозвищам. Варианты фамилии, такие как Кильдюшков или Кильдюшев, также встречаются, но реже.
Этимологически фамилия связана с диалектной лексикой русского языка и не имеет прямых аналогов в других славянских языках. Родственные фамилии, такие как Кильдюшов или Кильдяшов, могут иметь то же происхождение, но с разными суффиксами.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.