Фамилия Карабутенко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерному для восточных регионов Украины. В основе фамилии лежит прозвище Карабут, которое, по одной из версий, происходит от украинского слова «карабу́т» — «непоседа, егоза, вертлявый человек». Также возможно, что прозвище связано с диалектным «карабу́т» — «коротышка» или «толстяк». Суффикс -енко указывает на патронимическое происхождение, означая «сын Карабута».
Фамилия Карабутенко распространена преимущественно в центральной и восточной Украине, а также среди украинской диаспоры. Первые упоминания фамилии относятся к XVII веку, когда в реестрах казацкой старшины встречаются носители этой фамилии. В России фамилия встречается реже, в основном в южных регионах.
Этимологически фамилия Карабутенко связана с корнем «кара-», который в тюркских языках означает «чёрный», но в данном случае, вероятно, имеет славянское происхождение. Варианты фамилии: Карабут, Карабутов, Карабута.
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.