Фамилия Бордюченко имеет украинское происхождение и относится к распространённому типу фамилий на -енко, характерному для восточных славян, особенно украинцев. В основе фамилии лежит прозвище Бордюк, которое могло быть связано с диалектным словом «бордюк» — так в некоторых регионах называют растение (например, борщевик) или с «бордюга» — корзина из прутьев. Таким образом, фамилия могла указывать на род занятий предка (плетение корзин) или на его внешние особенности.
Фамилия Бордюченко встречается преимущественно в Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также среди украинской диаспоры. В России она менее распространена. Первые упоминания фамилии относятся к XVII–XVIII векам, когда фамилии на -енко активно формировались в казацкой среде.
Этимологически фамилия связана с корнем «борд-», который имеет параллели в других славянских языках, например, в польском «bord» — край, кайма, но в данном случае более вероятно диалектное значение. Суффикс -юк указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а -енко — на патронимическое происхождение (сын Бордюка).
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.