Фамилия Аггеев имеет религиозное происхождение и восходит к каноническому мужскому имени Аггей (от древнееврейского Хаггай — 'праздничный, торжественный'). В православной традиции это имя связано с библейским пророком Аггеем, одним из двенадцати малых пророков. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ев, указывающим на принадлежность ('сын Аггея').
Фамилия распространена в России, особенно в центральных и южных регионах, а также среди духовенства. Встречается в различных исторических документах, начиная с XVI века. Варианты написания: Агеев, Аггеев. Фамилия не является дворянской, но носители могли принадлежать к разным сословиям.
Этимологически родственна фамилиям Агеев, Аггеев (варианты написания), а также, возможно, Агафонов (от Агафон, греч. 'добрый'), но не Агапеев (от Агапий, греч. 'любовь').
Источники: Унбегаун Б. О. «Русские фамилии»; Никонов В. А. «Словарь русских фамилий»; переписи, избирательные списки и архивные описи.